El 18 de juliol de 1936, militars de les Canàries i el Marroc, comandats pel general Francisco Franco, es van revoltar contra el govern de la República. La revolta va rebre el suport de la major part de les guarnicions militars de l'estat espanyol i dels partits de dretes, com ara Falange Espanyola i els tradicionalistes.

La matinada del diumenge 19 de juliol, a Barcelona, l'exèrcit també es va alçar en armes contra la República. Molts obrers van reaccionar llançant-se al carrer per lluitar contra els militars revoltats. La Generalitat va ordenar al capità Frederic Escofet que agrupés totes les forces d'ordre públic i que afrontés la rebel·lió militar. Ben aviat van començar les escaramusses entre els dos bàndols.

L'alçament va fracassar a diferents llocs de l'Estat, però va triomfar en d'altres. Acabava de començar una guerra que havia de durar tres anys. L'estat espanyol va quedar dividit en dues zones enfrontades: la zona on havia triomfat la insurrecció, anomenada "nacional", i la republicana.

El general Franco va ser nomenat cap absolut de l'exèrcit revoltat. A Catalunya, gairebé tots els partits es van agrupar en el Comitè de Milícies Antifeixistes. Els partits comunistes es van fusionar en el Partit Socialista Unificat de Catalunya.

Aprofitant el desordre d'aquells dies, alguns extremistes incontrolats van començar, sense cap mena de miraments, una forta persecució contra els representants de l'Església i la gent de dretes. La Generalitat va ajudar a fugir el cardenal Vidal i Barraquer i altra gent perseguida.

Manuel Carrasco i Formiguera, un dels caps d'Unió Democràtica de Catalunya, va haver de marxar, però el seu vaixell va ser interceptat pels rebels i va ser conduït a la zona franquista. Carrasco va ser jutjat i condemnat a mort.

A tot Catalunya es van mobilitzar els soldats que hi havia disponibles per combatre al front d'Aragó. També es van enviar tropes catalanes, com la columna Durruti, a defensar Madrid.

Malgrat la neutralitat de diversos governs, van venir voluntaris de molts països a lluitar a favor de la República, que van formar les anomenades Brigades Internacionals. Per la seva banda, Itàlia i Alemanya van ajudar l'exèrcit del general Franco.

L'aviació alemanya de la legió Còndor va bombardejar, durant tres hores, la població basca de Gernika, símbol de la llibertat del País Basc. Hi va haver uns mil morts. Com a protesta, Picasso va pintar el mural "Guernica".

El maig de 1937, el desenllaç de la guerra s'anava decantant cap al bàndol franquista. A més, al bàndol republicà, els partits es barallaven entre si.

L'octubre de 1938, l'exèrcit franquista havia aïllat Catalunya i, al riu Ebre, l'exèrcit de la República havia concentrat una gran quantitat d'efectius per aturar l'avançada. La batalla de l'Ebre va ser la més important de la Guerra Civil, amb atacs i contraatacs que se succeïen des de Mequinensa fins a Amposta. Finalment, l'exèrcit republicà va ser vençut.

En poc temps, els franquistes es van apoderar de tot Catalunya. Abans, però, s'havia produït un èxode impressionant: més de 350.000 persones van travessar la frontera. El govern de la Generalitat se'n va haver d'anar a França. L'1 d'abril de 1939, amb la victòria de les tropes franquistes, la guerra va acabar.